Spelet äger rum före och under händelserna, den första filmen . Förutom scener från filmen, flera kapitel visar också några av Jasons bakgrundshistoria och uppdrag som äger rum före början av spelet.

Det börjar med Jason Bourne, huvudpersonen, att försöka mörda afrikansk diktator Nykwana Wombosi, vem vet för mycket om Treadstone, den black-ops organisation som Bourne arbetar för och hotar att offentliggöra vad han vet. Efter kämpar sig igenom Wombosi vakter och flera legosoldater , konfronterar han Wombosi, men inte kan döda honom, eftersom Wombosi barn är närvarande. Bourne är skjuten i ryggen när han stapplar ut på däck för Wombosi båt och faller i havet.

Bourne överlever och tar sig till en bank i Zürich, där han håller ett värdeskåp full med pengar och pass-tillsammans med en halvautomatisk pistol han lämnar i rutan. På väg ut, polis försök till kvarhålla honom, men han flyr till amerikanska ambassaden. Där marinkåren försöker att kvarhålla honom. Han flyr från ambassaden, sedan frågar Marie Kreutz, som han mötte i ambassaden, att köra honom till hans lägenhet i Paris, erbjuder en stor summa pengar i utbyte.

Väl framme Bournes lägenhet, informerar Marie misstag Treadstone att Bourne är fortfarande vid liv genom att plocka upp telefonen i lägenheten, utlöser ett tyst larm. De skickar en lönnmördare för att döda Bourne, men Bourne dämpar mördaren efter en långdragen kamp nävar och icke-konventionella vapen Jason användningsområden. Mördaren kastar sig sedan ut genom fönstret för att undvika förhör. Bourne och Marie fly från Paris polisen, som larmades efter mördaren dödade sig själv, sedan åka till Maries vän Edmond hus på landsbygden.

De tillbringar natten på Edmond hus, men innan de kan lämna nästa morgon, de attackerade av en annan lönnmördare som använder ett prickskyttegevär från de omgivande bergen. Beväpna sig med en dubbelpipiga shot gun, Jason sprängs bränsletankar för att skapa omslag och tar sig upp i bergen där flera skott han bränder tvingar sniper in i en lada. Efter att ha tagit sig in i ladan Jason har en kort eldstrid som slutar med ett slagsmål som ladan lyser i brand. När de båda misstag fly ladan i deras kamp, stick Bourne mördaren till döds med en vass bit av trä, skickar sedan Marie bort som han går till Treadstone att konfrontera de människor som har jagat honom över hela Paris.

Väl där, varnar han sin tidigare chef, Alexander Conklin , att lämna honom ensam. Istället Conklin rymningar och har flera dussin Treadstone agenter attack Bourne. Han incapacitates agenter på olika sätt och i brand slagsmål eller bråk knytnäve som han tar sig ner ur huset och ut på gatorna, sedan jagar Conklin i en gränd. Som de kämpar, lönnmördare visas ett nytt och skjuter Conklin. Bourne eftersträvar mördaren in i en kyrka under uppbyggnad och har en kort pistol kamp innan han orsakar en explosion som slår mördaren ur balans, vilket gör Bourne att ta itu med honom och överlämna dem till kyrkogården bakom kyrkan där Bourne är nästan strypt till döds men använder en spade som en klubb för att skicka lönnmördare över en kant och bryta nacken. Spelet slutar i Grekland efter Bourne försvinner innan polisen anländer och Bourne och Marie återförenas i butiken Marie har öppnat, de omfamnar eftersom spelet släcks ned.